1. Princípios

Mesmo numa máquina Linux isolada (sem rede) de apenas um usuário, muitos processos diferentes rodam em segundo plano. O fato de se desligar o computador "no dedão" pode interromper operações importantes e deixar o computador em um estado problemático (ou pelo menos alguns subsistemas). Desligar o computador, pode causar problemas, mas na maioria dos casos não. Depende muito do que está rodando no exato momento em que a energia é cortada. Aqui vai uma lista:

• Alguns editores ou aplicações de escritório estão rodando em janelas e consoles virtuais diferentes. A menos que você os informe, eles não gravarão o documento corrente.
• Você acabou de gravar um documento muito extenso. O Linux ainda não gravou todo o documento em disco mesmo que o editor tenha sido informado que o documento foi gravado. Essa funcionalidade de gravação em segundo plano aumenta a performance do disco, mas tem um preço: desligue o computador na hora errada (de maneira errada) e perca seus dados.
• Algumas bases de dados são atualizadas por um comando agendado no cron. Desligar o computador pode inutilizá-las.