Linuxconf gir deg fem forhåndsdefinerte kjøringsnivåer vanligvis passende for arbeidsstasjoner. Hvert kjøringsnivå korresponderer til en kombinasjon av følgende alternativer:
Noen Linux systemer trenger mer kontroll. Noen verter kjører aldri X, for eksempel, men kan støtte forskjellige konfigurasjoner gjennom /etc/inittab. Det er mulig å reprogrammere de fem definisjonene gitt av Linuxconf. Hver av de tre emnene over kan kontrolleres separat for hver av de fem kjøringsnivåene. Du kan også gi hver et forskjellig navn.