Isso é causado por uma má configuração do DNS. Todo o email que sai do servidor é reescrito, então parece que veio do domínio principal do servidor.
Esse problema se origina de uma funcionalidade nova do sendmail. No seu início, o sendmail varre todas as interfaces de rede (e apelidos de IP) e pega os nomes associados com seus números IP. Ele assume que todos esses nomes são equivalentes ao domínio principal do servidor. Qualquer email originário de um desses nomes será mascarado como vindo do domínio principal.
O problema no DNS é simplesmente que você definiu o mapeamento reverso de um número IP para um nome de domínio, ao invés de uma máquina deste domínio. O Configurador Linux não deixará você cometer esse erro, pois ele nunca faz um mapeamento reverso que aponte para um nome de domínio. Mas no caso de se fazer o DNS na mão, está-se sujeito a isso.
Então certifique-se que todos os números IP associados a apelidos de IP apontam para uma máquina de um domínio, e não para o próprio domínio. Reinicie seu DNS e seu sendmail e tudo ficará correto.