Ambos oferecem a mesma funcionalidade, mas definir um adicional é muito mais fácil (pois há uma interface para fazê-lo). Note que atualmente, os scripts de inicialização Sysv (estilo Unix System V) que vêm com todas as distribuições são muito limitados em funcionalidade. O documento seguinte explica como você pode melhorar os scripts Sysv que você atualmente possui:
http://www.solucorp.qc.ca/linuxconf/tech/enhsysv
Se você der o mesmo nome de um script Sysv a um adicional, este terá precedência. O script não será mais chamado. Muitos podem criar um adicional e simplesmente definir os comandos de inicialização, parada e recarga chamando o script Sysv. É um jeito fácil de se melhorar um script Sysv sem alterá-lo e ainda o mantendo compatível no caso de uma atualização.