Entenda que a operação que você está para fazer, apenas define o mapeamento entre fontes (partições de disco rígido ou volumes de rede) e sua árvore de sistema de arquivos local.
Removendo uma linha deste menu não afeta os dados. Mas por outro lado, se você remover uma linha, e reiniciar a máquina, você achará um diretório vazio onde normalmente você encontrava os dados da fonte. Os dados ainda estão lá, mas a conexão não.