A la différence de la plupart des chargeurs desystèmes d'exploitation, LILO peut faire démarrer différentes configurations de Linux. Il est même possible d'installer Linux plusieurs fois sur la même machine, chaque installation étant dans une partition différente, et d'utiliser un seule configuration de LILO pour démarrer avec toutes.
Vous avez la possibilité de sélectionner quelle sera la configuration par défaut.