Kun sammutus tehdään oikein kaikki tiedostojärjestelmät irroitetaan(unmount). Juuriosio liitetään kirjoitussuojatuksi. Jokaiselle tiedostojärjestelmälle(myös juuriosiolle) asetetaan clean-lippu. Lipun olemassaolo tarkastetaan jokaiselta tiedostojärjestelmältä seuraavan käynnistyksen yhteydessä, jolloin päätetään pitäisikö tiedostojärjestelmä tarkastaa ennenkuin se otetaan käyttöön. Tiedostojärjestelmän tarkastus varmistaa ainakin sen, että tiedostojärjestelmän puu on käyttökelpoinen järjestelmän kaatumisen jälkeen(virtakatkoksen tai vastaavan). Se ei suojele tietojen häviämiseltä: puhdas sammutus on aina paras vaihtoehto.