O Configurador Linux usa o script /usr/lib/linuxconf/lib/cfgarchive para gravar e carregar os vários arquivos de configuração. Esse script está documentado (comentado). Você pode especificar outros comandos de arquivamento indo ao menu "Arquivos de controle e sistemas", depois "Configurar todos os comandos e programas residentes". Localize o comando cfgarchive e coloque em seu lugar a rota de seu substituto.